tumbuhnya enceng gondok dipermukaan ekosistem perairan dapat dicegah dengan cara

1. Metode Fisik
Metode ini adalah penanggulangan yang dilakukan berhubung dengan kontak fisik, dengan cara mengankat dan dikumpulkan tumbuhan eceng gondok itu dengan menggunakan tangan tanpa bantuan penunjang lain atau dengan tangan kosong.

2. Metode Kimiawi
Metode ini adalah penanggulangan yang dilakukan dengan menggunakan bahan kimia herbisida, caranya menyemprot larutan kimia tersebut pada daerah atau kawasan yang ditumbhi eceng gondok.

3. Metode Mekanis
Metode ini adalah penanggulangan yang dilaksanakan berhubung dengan alat bantu, dengan cara membajak atau mengangkat eceng gondok itu dari darat atau dari pinggiran dimana pengoprasian alat terjangkau untuk mengangkat-Nya.

4. Metode Biologis
Metode ini adalah penanggulangan yang dilakukan dengan kontak alam tanpa ada campur tangan manusia, dengan cara menebar organisme pemakan (herbirvor). Organisme yang biasa dipakai di berbagai perairan danau di indonesia adalah ikan grass carp atau ikan koan.

5. Metode Kombinasi
Metode ini adalah penanggulangan yang pelaksanaannya digabungkan dengan ke empat metode baik secara fisik, kimia, mekanik, biologis dan kombinasi, dengan cara yang dipakai pada metode ini kompak dalam pekerjaannya. cara ini akan cepat selesai pekerjaannya, tetapi dampak aktivitas penanggulangannya besar sekali.